En esta nueva temporada de FLCL han pasado varios años desde que Naota y Haruhara Haruko tuvieron juntos su aventura. Mientras tanto la guerra entre las dos organizaciones conocidas como Medical Mechanica y Fraternity arrasa a través de la galaxia. Es introducida Hidomi, una joven adolescente que cree que no le espera nada asombroso en su vida común, hasta que un día una nueva profesora llamada Haruko llega a la escuela. Poco después Medical Mechanica ataca el pueblo de Hidomi y esta descubre un secreto que lleva dentro y que puede salvar a todos, el cual solo Haruko puede desbloquear. ¿Pero porque Haruko regreso a la tierra?¿Que paso con el Rickenbacker 4001 que ella le dejo a Naota? ¿Y a donde fue el robot con forma humana llamado "Canti"?

También conocida como: "Fooly Cooly Progressive", "Furi Kuri Progressive "

NOTA: "FLCL Progressive" y "FLCL Alternative" han sido publicadas tanto como serie y como película. La película no es más que los episodios uno tras otro.

Esta serie fue emitida primero en Adult Swim en Estados Unidos con doblaje en Inglés (en formato de una serie de 6 episodios) y luego estrenada en Japón (en formato de película).