La historia comienza cuando una agente secreta se esconde en el barco donde estaban cenando los alumnos del colegio Futaba en la Bahía de Tokio. Los Pezuña de Cerdo la siguieron y se llevaron al barco con ella, Shin-Chan y sus amigos a bordo. A partir de ahí Shin-Chan, Masao, Nene, Kazama y Boo-Chan van con la agente a todas partes como rehenes de los Pezuña de Cerdo. Simultáneamente, un agente de la SML va a las casas de los niños recogiendo fotos de ellos para reconocerlos y rescatarlos. Pero cuando llega a la de los Nohara, Misae, con Himawari y Hiroshi, le siguen hasta Hong Kong para rescatar a su hijo. Al final consiguen que el agente los lleve con él y lo ayudan en sus tropiezos.

También conocida como: "Shin-chan: Operación Rescate"