Situada un año despues de la llegada de los Zentraedi a la Tierra, Macross Zero nos narra los días finales de la guerra entre la U.N. Spacy y las facciones Anti-U.N. Despues de ser derribado por la más novedosa nave de combate Anti-U.N., el piloto Shin Kudo termina en la remota isla de Mayan, donde la tecnología es casi inexistente. Mientras Shin permanecia en esta isla curando sus heridas, la tranquilidad de esta es deztrosada por una batalla en la que está involucrada la nave más avanzada de la U.N.: el VF-0.