Mewtwo sigue a los Genesect a la ciudad de Nueva Tork en donde estos planean establecer su nuevo hogar, ya que los edificios y su estructura les recuerdan mucho al antiguo. Al llegar, Mewtwo ve que uno de los Genesect está por atacar al Pikachu de Ash y al Axew de Iris y los protege al instante; se presenta ante Ash y los demás y les explica quiénes son los Genesect y quién es él. Se entera de que los Genesect estaban atacando las Cumbres Pokémon y a los Pokémones que habitan ahí, echando a todos ellos para poder crear su hogar con forma de nido. Por lo que Mewtwo va hacia allá para pararlos. Al llegar, Mewtwo salva a un Feraligatr que estaba a punto de caer y trata de convencer al Genesect variocolor de que lo que estaba haciendo está mal pero este no lo escucha y ataca a Mewtwo, por lo que a Mewtwo no lo queda otra opción que luchar contra él transformándose en Mega-Mewtwo.

También conocida como: "Genesect y el despertar de una Leyenda"