La historia gira alrededor del Cometa Milenario, que aparece en el cielo nocturno durante siete días una vez cada mil años. Es, al mismo tiempo, cuando el legendario Pokémon Jirachi despierta de un largo letargo para absorber la energía del cometa. Esta energía, a su vez, es puesta en la propia Tierra, en un área conocida como Forina. Esta vez un mago llamado Butler, junto con su novia Diane, descubren la piedra en la que estaba encerrado Jirachi y se lo lleva consigo para su espectáculo. Se cree que en los días en que Jirachi está en la tierra es capáz de conceder los deseos de las personas (y que éste pokémon es capaz de realizar una técnica capaz de teletransportar cualquier cosa).

También conocida como: "Jirachi y los deseos"