Misaki comenzó a tener inesperados problemas de repente. Los cuales empezaron como su necesidad de ingresar en la Universidad Mitsuhashi, lo que lo ha llevado de algún modo a tener un romance con un hombre mayor que él y tambien amigo de su hermano mayor. Confundido por estas nuevas emociones, Misaki se esfuerza por organizar su repentina nueva vida. Y si eso no fuera suficiente, su tutor, Usami, tiene otros problemas encima. Es un hombre-niño que tiene una habitación llena de juguetes y osos de peluche gigantes, Usami es un novelista famoso que escribe sobre relaciones amorosas entre hombres, utilizando como personajes a aquellos que le rodean, plasmando sus fantasias. Y si una pareja no es suficiente, Junjo Romantica se enfoca en tres diferentes parejas, cada una con su propia historia.