Para evitar la destrucción de la Tierra amenazada por un asteroide, la ISDA (International Solarsystem Development Agency) encuentra un huevo de Dragon bajo el océano, lo cual es utilizado para dar comienzo al "proyecto D" y crea al "Dragonaut" Sin embargo, descubren que los asteroides no son su única amenaza, sino unas criaturas poderosas, cuando un dragón aparece en la Tierra. Habiendo perdido a su familia en un terrible accidente Jin Kamishina siendo el único sobreviviente se convierte en un piloto de uno de los mas poderosos "Dragonaut". Toa una chica misteriosa es el objetivo de la ISDA sin embargo es protegida por Jin Kamishida. Cuanto más profundo se vayan adentrando en el misterio de los dragones, se encontrarán con nuevos amigos y enemigos, y también comenzarán a desarrollar una relación más cercana.

También conocida como: "Dragnat: the Resonance"