Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/stay night, donde el Santo Grial fue alejado de la ciudad de Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Santa Guerra por el Grial en Trifas. Dos bandos se enfrentarán la "Facción Negra", con miembros de Yggdramillennia y la "Facción Roja", con miembros de la Asociación de Magos y un miembro de la Iglesia.