En 2115, el país conocido antiguamente como Japón se ha dividido en dos mundos paralelos: el Frontier S (Stratos) y el 17 de Extremo Oriente de la Ciudad Imperial Distrito de Administración. Frontier S es un universo fuera de la ley en el que la libertad es endémico, mientras que el Ayuntamiento del Distrito de Administración 17a Lejano Oriente Imperial es un universo totalitario completamente carente de libertad y está bajo vigilancia constante. Cuando los dos universos están empezando a fundirse en uno solo, el gobierno de cada uno de los mundos inicia el Servicio Stratos, un protocolo a escala mundial en el que un grupo selecto de pistoleros, mercenarios y personas especiales, cada uno de los dos universos, se enviará al año 2015 para alterar el pasado mediante la eliminación del otro lado hasta que sólo un grupo sobrevive, borrando un universo paralelo en el proceso.

La historia gira en un grupo de pistoleros, cada uno de los dos universos que participan en la Operación Stratos, sobre todo en un grupo de cuatro amigos de la infancia: Tohru Kazasumi, kyoka Katagiri, Kyoma Katagiri, y Shizune Rindo, que todos deben enfrentar sus propios defectos y diferencias cuando se enfrenten a sus seres alternados con el fin de sobrevivir.