Esta película es una secuela directa del anime, y está basada en una nueva serie de manga que Leiji Matsumoto comenzó en 1996. Es la más corta de todas.
Los eventos en esta película se dan un año después de la conclusión del anime. Tetsuro es prisionero de un régimen opresor que ha tomado el control de la Tierra, y momentos antes de ser ejecutado, es rescatado por Maetel y el conductor del 999. La razón: una fuerza maligna amenaza a todo el universo, destruyendo planetas poco a poco.
El planeta de las luciérnagas es uno de los primeros en ser destruido, mientras el 999 se dirige a un planeta donde podría estar la solución a esa fuerza maligna, donde está una persona que fue capaz incluso de revivir a Claire, la camarera del 999. Tetsuro se enfrenta a una guerrera llamada Helmazaria a bordo del 999, quien hace todo lo posible por asesinarlo.
En esta película el Capitán Harlock tiene escasa participación.

También conocida como: "Ginga Tetsudo 999 Etanaru Fantaji" y "Galaxy Express 999 Eternal Fantasy"

Esta serie es parte del Leijiverso