Kasumi Kogen, llamada "La aldea de la niebla", es un pueblo en la parte rural de Japón. En este pueblo hay una escuela, la Shinobi gakuen, donde estudiantes de todo el país son entrenadas para convertirse en kunoichi (mujeres Ninja).
La historia comienza con una niña, Himawari Hinata, llegando a Kasumi Kogen, ella se dirige al Shinobi Gakuen, para cumplir su sueño de convertirse en una kunoichi,por haber sido salvada por un Ninja en su infancia. En su primer día, ella se encuentra con Hayato Marikoji, un maestro que acabando de llegar a Kasumi Kogen le salva la vida. Hayato no posee habilidades ninja, el enseñara a las estudiantes sobre la sociedad japonesa normal con el fin de pagar una gran deuda. Sin embargo, Himawari se da cuenta que Hayato tiene la misma marca en el cuello como aquel ninja que la salvó cuando ella era joven.
Himawari! es la historia de Himawari y su viaje para convertirse en una kunoichi, y el voto que ella hace para proteger a su sensei.