Nos narra la historia de Nanoha Takamachi una niña de 9 años con una vida normal hasta que un día recibe la misión de recolectar 21 Jewel Seeds, poderosos cristales de energía capaz de poner en peligro la estabilidad del Espacio-Tiempo si caen en las manos equivocadas. Nos envuelve en una carrera contrarreloj por las Jewel Seeds, Nanoha con la misión de recuperarlas, Fate la otra chica mágica que tan bien las desea para entregárselas a su madre, la madre de esta que las necesita para culminar algo, y la organización que vela por la estabilidad.