La historia se desarrolla en el año 2059, en la 25 Flota de Emigración, Macross Frontier. Macross Frontier (Makurosu Furontia), es la continuación de Macross 7, en el mundo de Macross. El VF-25 Messiah, es el ultimo "variable fighter" que aparece en esta serie contra el enemigo de turno que son los "Vajra".