Una historia basada de la novela de la reconocida escritora Atsuko Asano. Esta historia futurista se desarrolla en una ciudad llamada Nª.6 en el año 2013, donde Shion reside por tener un alto rango de inteligencia y desde los dos años de edad se le da la posibilidad de vivir en una de la zonas mas lujosas de la ciudad llamada "Cronos" donde solo viven gente adinerada y de élite, cuando Shion cumple 12 años se topa con Nezumi un chico que esta huyendo de un reformatorio, Shion lo protege y por eso es expulsado de "Cronos" a la "ciudad perdida" donde despues de cuatro largos años de huir se topa por un accidente a alguien que lo lleva a descubrir secretos sobre la ciudad ideal Nº.6.