Dos años después de los acontecimientos de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, la luna que Hagoromo Otsutsuki y su hermano Hamura Otsutsuki crearon para sellar el cuerpo de Kaguya Otsutsuki comienza a descender hacia la Tierra como un meteoro que destruira todo en el impacto. La crisis es causada por Toneri Otsutsuki, descendiente de Hamura Otsutsuki a través de la rama secundaria del clan, determinado a cumplir con el legado de su antecesor el cual pensaba que la humanidad debe ser exterminada por usar chakra como arma por más de un milenio.