La historia se sitúa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche y cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.