La historia gira en torno a Kaito, un nuevo estudiante de la Academia Root, aficionado a los puzzles. Es seleccionado como candidato para el ¨Phi Brain¨ por sus increíbles habilidades mentales. Un día él y su amiga de la infancia Nonoha se encuentran en unas ruinas cercanas a la academia, conocidas como ¨el puzzle imposible de resolver¨. El puzzle resulta ser una prueba de una organización llamada POG y al resolverlo se convertira en el Solver, con lo que irá por el mundo resolviendo otros tantos puzzles supuestamente imposibles.

También conocida como: "Phi-Brain ~ Puzzle of God"