La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado, Kenshin Himura, decide no volver a matar gente y para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió, decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa que existe: el Hiten Mitsurugi Ryu, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Seijuro Hiko, que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir al asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba, donde 3 hermanas lo habían adoptado como hermano menor. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ryu; Sanosuke, Yahiko y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida.

También conocida como: "Rurouni Kenshin, El Guerrero Samurái" y "Samurai X"