Ubicados en el año 2012 una extraña raza llamada Mu comienza una repentina guerra en contra de Japón, aislando a Tokyo del mundo. Los Mu usan los Dolems, parecidos a mechas gigantes. Tokyo cree que el mundo a desaparecido y no sabe que es controlado por aquella Raza, pero el mundo cuenta otra historia y su intervención hará despertar al "ejecutor", un joven de naturaleza Mu y que se ve destinado a cambiar al mundo entero, convirtiéndose en el piloto de RahXephon, el Dolem del ejecutor, liderando una guerra contra su propia raza, sin embargo solo Ishitori el verdadero rostro de sus deseos influirá en su decisión y en el destino.