Saint Young Men sigue la vida de Jesucristo y Buda, quienes viven en Japón como un par de jóvenes compañeros de cuarto y mejores amigos. Jesús es un poco holgazán, sin preocupaciones, irresponsable e impulsivo. Frecuentemente pide "permiso" a Buda para hacer o comprar cosas. Buda es calmado, racional y preocupado por el bienestar de otros. Sin embargo, Buda siempre se asombra por el carácter de Jesús y su comportamiento. Cada capítulo nos muestra como ellos reaccionarían ante un día normal en el planeta. Cuando ambos hacen o dicen algo virtuoso una luz los ilumina sobre sus cabezas. Las personas no se dan cuenta que ellos son Jesús y Buda (algunas chicas dicen que Jesús se parece a Johnny Depp), así que ellos tratan de mantener en secreto su identidad.