Después que una guarra interplanetaria comenzara a inicios del siglo XXI, el planeta Tierra quedó en ruinas, con gran parte de su ecosistema destruido. Debido a que ya no era posible una vida normal en él y los habitantes fueron forzados a moverse a otros planetas donde la vida fuera más confortable.
Una totalitaria organización, la cual tiene fuerte control sobre la gran mayoría de los nuevos habitantes, de alguna manera ha llegado a la conclusión de que la música es una fuente de maldad, por lo tanto debe ser baneada y destruida por el bien de todos. Un talentoso grupo llamado AKB0048 es formado, en honor a las miembros del grupo AKB48 que una vez vivieron en la Tierra. Incluso ahora que su música es considerada universalmente ilegal, tienen la misión de devolverle la vida a la música, viajando de un planeta a otro y teniendo tantos conciertos como sea posible. Tendrán que experimentar nuevos métodos de entrenamiento en aras de superarse a sí mismas, evitando el peligro constante de ser arrestadas a causa de la música.
¡Únete a la aventura de las chicas de AKB0048, las estrellas del pop interplantarias y a su lucha por salvar el mundo con la música!