Mil años después de los hechos sucedidos en la serie original vemos una nueva versión de la ciudad Domino, ahora llamada Neo Domino City. Ahora vemos a un nuevo tipo de duelos, los Riding Duels, que son duelos a altas velocidades sobre motos llamadas D-Wheels, pero sin dejar atrás los emocionantes torneos, vemos a un nuevo protagonista intentando llegar a Neo Domino City para encontrar su destino.